工作流替代后台函数代码的弊端主要包括缺乏相互操作性、缺乏正确性和可靠性的支持、性能问题、缺乏分析、仿真和纠错工具、底层通信平台不完善、以及企业实施的复杂性。
- 缺乏相互操作性：各个工作流管理系统之间并不能真正意义上做到互相兼容，这主要是因为软件开发中缺乏统一的标准。这导致工作流软件之间的互操作性差，影响了系统的整体效率和灵活性。
- 缺乏正确性和可靠性的支持：在工作流实例运行过程中，可能会出现多个活动同时访问共享资源的情况，若这几个活动在数据操作上是相互重叠的，为了保证系统能够正常运行，需要进行并发控制，防止出现“脏数据”等现象。此外，当工作流不正常中断时，如何恢复数据的一致性也是一个需要解决的问题。
- 性能问题：目前的大多数工作流软件不能满足企业对每天处理上千万个，甚至每小时几千个业务的需求，需要拓展。这意味着工作流软件在处理大量数据时可能会遇到性能瓶颈。
- 缺乏分析、仿真和纠错工具：现在的工作流软件还缺乏对工作流进行分析、仿真和纠错的类似工具，这使得在设计和调试工作流时，难以有效地发现和解决问题。
- 底层通信平台不完善：异构系统的通信技术目前还并不成熟，这造成了企业应用工作流管理系统时的额外负担。
- 企业实施的复杂性：工作流应用的开发不仅仅是过程的定义，还需要同事处理其他的许多任务，例如，对外部的应用系统进行封装、建立工作流引擎运行所必须的分布式计算环境、设计开发相应的用户界面等。目前的工作流软件几乎不能为这些任务提供比较有力的支持。
综上所述，虽然工作流管理系统在某些情况下可以替代部分后台函数代码，提高开发效率和系统灵活性，但同时也面临着上述一系列的挑战和限制。
